Après la mort de Tom Morel, le , c’est le capitaine Anjot qui demande à lui succéder sur le plateau des Glières alors qu’il sait que celui-ci va être attaqué en force par les Allemands. À ce propos, Romans-Petit déclarera : Parmi tous les sacrifices qui ont été faits au moment de Glières, c’est Anjot qui a fait le plus beau. Il savait que tout était perdu. Il l’a dit. Il me l’a dit : « Mon devoir me commande de prendre [ce poste]. Je sais que j’engage une bataille perdue, mais il y a l’honneur, il y a le pays, il y a la France. » Anjot dit à ses proches collaborateurs : J’ai décidé de monter au plateau. Je sais que je n’en reviendrai pas. Je vous dis adieu. […] Ma vie importe peu si je peux sauver celle des autres.
Pour l’honneur de Résistance, le capitaine Anjot, officier expérimenté, réfléchi et impassible, se battra bien que sachant ce combat désespéré (Sa grande idée est de sauvegarder l’honneur en épargnant le plus possible la vie des hommes, Pierre Golliet). Prenant le commandement du Maquis des Glières le , il réorganise les effectifs disponibles en renforçant le secteur qu’il estime le plus vulnérable et où va effectivement se produire l’attaque allemande principale. Il forme notamment une quatrième compagnie au sud-est avec deux nouvelles sections en première ligne sur l’alpage de Monthiévret, le point le plus accessible du dispositif de défense dont il assure la profondeur avec deux autres sections d’Espagnols expérimentés en seconde ligne. En outre, sachant que le maquis ne pourra pas tenir face à des forces nettement supérieures, il prévoit de baliser d’éventuels itinéraires de repli. Le , il rejette comme inacceptable, inutile et dangereuse pour le moral une ultime entrevue avec les chefs de la Milice française avant l’attaque allemande.
Le , après le pilonnage d’artillerie et le bombardement aérien, il inspecte les positions de combat et encourage les hommes. Lors de son retour, il se trouve dans l’axe de tir de deux avions allemands ; cependant, il poursuit imperturbablement sa marche cadencée sans se soucier du danger (dixit Alphonse Métral, le secrétaire du bataillon). Le soir, apprenant que les Allemands ont ouvert une brèche, mais ignorant qu’ils sont redescendus, le capitaine Anjot, qui estime l’honneur sauf, ordonne l’exfiltration du bataillon des Glières à vingt-deux heures. Comme il a donné l’ordre de décrocher avant l’attaque générale déclenchée le jour suivant, les Allemands, de l’aveu du Kommandeur der Sipo-SD de Lyon, n’obtiennent pas « le résultat espéré au point de vue du nombre de tués et de prisonniers ».
Après une marche harassante dans la neige profonde, le , dans l’après-midi, il tombe, avec cinq maquisards, dans une embuscade tendue par les Allemands près du village de Nâves-Parmelan. Enseveli sur place le , son corps est inhumé le 4 avril au cimetière du village, puis transféré le 18 octobre à la nécropole de Morette où il occupe la tombe n° 67 à côté de celle de Tom Morel.
